[SanCho]

1. Она делается контроллером, который находится в боксе USB-IDE и это всё видится (грубо говоря) как сменный носитель на шине USB - как флешка. Сколько всего может быть портов? Сколько у тебя будет USB портов, столько и можешь навешать.

Существуют ли корпуса с увеличенными по высоте боксами?

Не думаю. Всё стандартно и расчитано на толщину винчестера. Но есть конструкции, где диск находится в висячем состоянии, т.е. снизу к нему имеется доступ - вот такие конструкции хорошие. А вот у себя я пилял

Подскажите, может сейчас корпуса круче стали (по охлаждению)?

Стали... Например Ascott, Inwin.