[Anton04]

Я точно не могу всё до мелочей знать, какие ещё дальше программы и задачи будут использоваться на этих компьютерах в будущем, на какие сайты будут выходить пользователи в будущем. Так что вот и не могу сказать точно, потребуются ли когда эти дополнительные 400 сертификатов им или не потребуются. »

Если вы точно не представляете зачем вообще нужны сертификаты вообще и те что есть в наборе в частности, то не стоит плодить сущности и пытаться избавится от будущих теоретических проблем которые ещё не известно наступят ли, а вот усложнять себе поиск возможной проблемы в будущем не стоит, всяко проще найти одну проблему из 40, чем одну из более чем 400.

А там уже пользователи могут и другие программы устанавливать дополнительно в будущем по мере появления новых задач. »

Тем более, если уж у Вас права у пользователей такие есть, то и сами разберутся, а системное ПО будет прекрасно работать и без этих 400 с гаком сертификатов.