[ErikPshat]

Chudmin,

Код:

[UninstallRun] 
Filename: "{sys}\taskkill.exe"; Parameters: "/f /im Моя_прога.exe"; Flags: skipifdoesntexist runhidden

или использовать сразу в секции Files параметр BeforeInstall для уничтожения процесса перед установкой:

Код:

[Files]
Source: "Моя_прога.exe"; DestDir: "{app}"; Flags: ignoreversion; BeforeInstall: TaskKill('Моя_прога.exe')

[ Code ]
procedure TaskKill(FileName: String);
var
  ResultCode: Integer;
begin
    Exec(ExpandConstant('taskkill.exe'), '/f /im ' + '"' + FileName + '"', '', SW_HIDE, ewWaitUntilTerminated, ResultCode);
end;