[Petya V4sechkin]

Вроде вполне решается добавлением имени компьютера (на котором хранятся запускаемые программы) в список надёжных узлов, но это надо делать на каждой машине Можно ли как-то через реестр windows добавить? Или средствами GPO?

Конфигурация пользователя (или компьютера)\Административные шаблоны\Компоненты Windows\Internet Explorer\Панель управления браузером\Вкладка "Безопасность" -> параметр Список назначений зоны для веб-сайтов.

См. также
[решено] Как отключить "Предупреждение системы безопасности" при открытии файла?

Прошу прощения, торопился и тему криво назвал.

Ну так переименуйте в более осмысленное название.