[exo]

я читала его эмопост на хабре. »

а ещё у меня есть сомнения:

а админов мало 6 человек на 3000 хостов в итоге домен перестал использоваться. »

6 админов на 3000 узлов в рабочей группе?

Есть ли какие нибудь решения штатными средствами WS2012R2? »

у WS 2012 R2 есть несколько штатных средств для блокирования трафика по пользователям, но они или не подходят автору по тому, что ещё не очень развиты, или у автора пользователи очень "развиты".
я надеюсь в новом сервере\клиенте будет развитие этих инструментов.