[exo]

Все компы, какие появляются в сетях, по дефолту валятся в контейнер mydomain\Computers »

всё правильно. Далее ручками их распределяете в нужную OU.
Или - до ввода в домен вручную создаёте объект "компьютер" в нужной OU.

Будет ли между всеми этими контейнерами опрос проходить на наличие существующего имени? »

если домен один - конечно будут конфликты, а точнее - вы не заведёте в домен комп с таким же именем.
если дочерние домены - на практике не встречал, но думаю должно быть всё без конфликтов, т.к. FQDN у каждого свой. Но в этом случае:

контейнер mydomain\Computers »

у каждого будет свой. Если я не ошибаюсь. В этом плане в 2012 ничего не поменялось.