[d-i-o]

дальше что делать не знаю »

1) C помощью WAIK создать базовый набор файлов для WinPE (как сделать - тут)
2) Смонтировать из получившегося образа файл winpe.wim
3) Скопировать содержимое архива в корень смонтированного образа
4) Если нужен автозапуск программы, то читаем дальше, иначе переходим к следующему пунету
Создаем в папке Windows\System32 подключенного образа Windows PE файл winpeshl.ini с содержимым:
[LaunchApp]
AppPath = %SystemDrive%\mysetup.exe
5) сохраняем образ
6) переименовываем winpe.wim в boot.wim
7) заменяем в папке ISO\Sources файл boot.wim на только что созданный
8) создаем ISO образ WinPE

P.S. если п. 4 был пропущен, то запуск программы осуществляется вводом в консоли WinPE команды mysetup