[Amigos]

сами обои просто копируются из папки files в i386 и заменяют имеющиеся »

да.
из папки Files они сжимаются в папку compressed, а оттуда копируются в папку i386 дистрибутива, заменяя существующие.

входят ли файлы со стандартными обоями в число защищенных SFC »

нет.
проверить просто. поставьте winxp с ОРИГИНАЛЬНОГО дистрибутива.
зайдите в c:\WINDOWS\Web\Wallpaper\ и удалите файлы обоев. Если они защищены WFP (присутсвуют в списке SFC) то через пару секунд они востановятся на прежнем месте. Если не защищены то удалятся в корзину и сами не востановятся.

Значит из этих двух файлов можно при необходимости сделать просто аддон для удаления "плиток" »

теоритически да, практически не пробовал.